環境管理體系審核的核心內容是衡量一個組織的環境管理體系是否符合環境管理體系審核準則。它包括以下四個方面：①衡量環境管理體系是否完善；②環境管理體系的活動是否正確；③實施情況是否良好； ④體系是否充分適合于組織的環境方針和目標。
    環境管理體系是否完善主要應檢查組織體系是否包括環境方針、環境方案、組織結構、任務、職責和職權、環境審核和管理評審步驟等ISO14001中規定的必要內容。
    環境管理體系的活動是否正確，主要檢查組織在廢氣、廢水的排放，土壤污染，原材料、化學品和有害物質的管理和貯藏，環境技術規定，生產過程行為和管理，廢物的收集和處置等方面做的如何，是否符合ISO14001和ISO14004規定的運行模式。
    實施情況是否良好應檢查體系是否全方位得到了確實的實施及其是否在組織內正常運作，應抽樣檢查程序的有效性及其實施，培訓記錄，測量報告記錄，環境方針是否公布與眾等。
    組織的環境管理體系仍可能存在與組織環境方針、目標不相符合的地方，因材檢查應包括對照目標檢查排放的測量結果，檢查對執照及法律、規章的專門條款的符合情況。
環境管理體系審核的依據可以歸納為以下三條：
    ①ISO14001：ISO14001是環境管理體系的規范性標準，作為審核的依據之一是必須的。因此要建立環境管理體系，必須以ISO14001作為審核依據。
    ②環境管理手冊、程序文件及其它相關環境管理體系文件：環境管理手冊和程序文件是組織根據ISO14001的要求編制的。它對組織的環境管理體系的實施提供強制性指令和具體操作運行指導。一旦發布就是組織的內部環境管理法規。
    ③適用于組織的環境法律、法規和其它要求：ISO14001強調對環境法律、法規遵守的承諾，因此適用于組織的法律、法規和其它要求也必須作為審核依據之一，因為它在環境管理上占有十分重要的地位。這里的其它要求可以是相關的各種標準，排污許可證上的要求或相關方提出的要求等。